În anul 2003 a fost efectuată reforma sistemului judecătoresc din Republica Moldova. Prin Legile № 1471-XV din 21.11.2002 şi № 191-XV din 08.05.2003 au fost introduse modificări şi completări, ce au reglementat principiile organizaţionale de funcţionare a sistemului judecătoresc din Republica Moldova. În legătură cu aceste schimbări sistemul instanţelor de judecată din 12.06.2003 a fost reorganizat din nivelul patru în nivelul trei. În rezultatul acestei reforme Tribunalul Comrat a fost reorganizat în Curtea de Apel Comrat,
Curtea de Apel Comrat este amplasată în municipiul Comrat și activează din iunie 2003. Din circumscripția Curții de Apel Comrat fac parte 2 judecătorii: judecătoria Comrat sediul central, sediul Ceadîr-Lunga și sediul Vulcăneşti, precum și judecătoria Cimișlia sediul central, sediul Leova.
Primul președinte al Curții de Apel Comrat a fost judecătorul Lazareva E.P. În perioada activităţii Doamnei Elenei Lazareva au fost efectuate reconstrucții și reparație capitală a edificiului Curții de Apel Comrat. Interiorul și exteriorul clădirii au fost renovate capital şi au fost date în exploatare în anul 2010. Clădirea Curții de Apel Comrat are o suprafață de 583,3 m² și 2 etaje. La primul etaj al clădirii au fost plasate două săli ale ședințelor de judecată, camera de detenție provizorie, sala de conferințe și cancelaria.
În anul 2013 în Curtea de Apel Comrat în vederea sporirii eficienței și transparenței procedurii de judecată:
- a fost amenajată camera pentru audierea minorilor (art. 1101 CPP RM),
- a fost amenajat biroul în care participanţii la proces fac cunoştinţă cu materialele dosarului;
- a fost procurat preamplificatorul linear a modului feedback conform Legii cu privire la protecţia martorilor şi altor participanţi la procesul penal nr. 105 din 16.05.2008;
- a fost procurat echipamentul pentru înregistrări video în ordinea art. 18 CPC RM;
- în sălile ședințelor de judecată în locul grilelor metalice au fost instalate construcții din termostat cu bronare din sticlă.
În instanță există un panou de informații pentru public, iar pe ușile birourilor sunt avertismente pentru accesibilitatea justițiabililor. Conform Hotărârii Consiliului Superior al Magistraturii nr. 16/1 din 16 ianuarie 2018 în cadrul Curții de Apel Comrat a fost realizat Proiectul cu privire la Planul de acțiuni privind implementarea cadrului internațional de excelență judecătorească. În cadrul realizării sarcinilor generale incluse în Planul de acțiuni a fost creat Biroul pentru traducători și interpreți, care a fost dotat cu echipament necesar.
Curtea de Apel Comrat, conform schemei de încadrare, dispune de 7 judecători, doar la momentul dat în ea colaborează 4 judecători:
- Ștefan Starciuc – judecător;
- Grigori Colev - judecător;
- Dmitrii Fujenco – judecător;
- Andrei Mironov - președinte interimar.
Numărul total de angajați, cu excepția judecătorilor, constituie 40 de persoane.
Repartizarea cauzelor la Curtea de Apel Comrat se efectuează în conformitate cu cerințele prevăzute de art. 61 Legii RM privind organizarea judecătorească.
Toți judecători și angajații Curții de Apel Comrat utilizează Programul Integrat de Gestionare a Dosarelor (PIGD). La moment dat se folosește versiunea 5.0 a PIGD.
În conformitate cu prevederile Regulamentului privind înregistrarea audio a ședințelor de judecată, aprobat prin Hotărîrea CSM nr. 338/13 din 12.04.2013, în cele două săli de judecată în timpul examinării cauzelor se efectuează înregistrarea audio.
Hotărîrile, emise de către judecătorii Curții de Apel Comrat, sunt publicate pe pagina Web în conformitate cu cerințele Regulamentului cu privire la publicarea hotărîrilor judecătorești pe pagina Web, aprobat prin Hotărîrea CSM nr. 658/30 din 10.10.2017.